Sono organi della Fondazione:
- il Consiglio di Amministrazione di cui fanno parte: in rappresentanza della Regione Claudio Cogliati, Erik Pietro Sganzerla, Anna Maria Mancuso, Francesca Maria D’Alessandro e Guido Angelo Cavaletti, designato dal Comune di Monza Paolo Tagliabue, individuato dal Ministero della Salute Francesco Minnetti, nominati dai portatori di interesse Luigi Roth (Fondazione Tettamanti) e Mauro Gallavotti (Fondazione Monza e Brianza per il Bambino e la sua Mamma)
- il Presidente: Claudio Cogliati
- il Direttore Generale: Michele Brait
- il Direttore Scientifico: Pietro Invernizzi
- il Collegio Sindacale